众多研究表明，不饱和脂肪酸甘油三酯经产生自由基(α-自由基)而使双键发生cis/trans异构化，主要包含直接异构化和质子转移异构化2种反应机理。Li等利用量子化学密度泛函理论(DFT)对油酸(C18:1)经质子转移途径的cis/trans异构化反应机制的理论推理和试验结果表明，顺式油酸在145．46℃下发生了焓变(放热现象)，顺式和反式油酸基态能量差为7.6kJ/mol，其值低于顺式和反式亚油酸(C18:2)能量差(13.2kJ/mol)。油酸发生顺/反异构化的过渡态能垒为294.5kJ/mol，其值大于亚油酸(284.2kJ/md或286.4kJ/mo1)。李安对油酸顺反异构化反应理论的研究表明，油酸异构化按照直接异构化反应理论包含1种过渡态和1条途径。Cheng等p41对油酸顺/反异构化反应理论计算和实验证明，油酸顺/反异构化反应需要氧气参与并可能开始于150℃，从油酸角度阐明了不饱和脂肪酸发生氧化反应形成自由基经过B均裂(ROOH均裂的活化能为160.97kJ/mo1)产生TFAs的理论机制。Tsuzuki的研究也证实了这一理论机制。按照直接异构化反应理论，顺式亚油酸需克服236.9kJ/mol以上的能垒形成双自由基渡态，且反式双键越多，所需克服的能垒数量越多；反应温度越高，速率常数越大。而按照质子转移异构化理论，单一反应途径需克服286．4kJ/mol的能垒，过渡态中间产物为一个包含3个碳原子和4个氢原子的π₃₄离域体系。根据质子转移异构化机理，亚麻酸分子中的氢原子向相邻的碳原子转移形成过渡态产物，单独的反应途径需要达到290.4kJ/mol的能量，包含有3个过渡态和1个中间体，过渡态的中间产物体系为一个具有4个氢原子和3个碳原子的大离域体系。

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