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矿物元素在人体内起着重要的作用，如参与代谢、预防慢性疾病、维持免疫力等。功能性寡糖可以促进肠道对矿物元素的吸收，现已有研究表明其吸收机制。朱志怀等研究发现低聚果糖在大肠内被发酵成L-乳酸，能溶解钙、铁、镁等矿物质，促进肠道吸收，且低聚果糖能使钙的吸收率达到70.18%。此研究表明肠道对矿物质的吸收可通过肠道有益菌代谢产生短链脂肪酸，代谢产物乳酸使肠道内pH下降，增加金属离子的可溶性来完成。王秀武等在肉仔鸡饲料中添加壳寡糖发现肉仔鸡的胸肌和腿肌中Ca、Zn、Fe和Mn元素的含量显著提高，其机制也可能是消化道黏膜通透性增加，紧密结合蛋白结构发生变化，开放跨膜通道或借助氢键和盐键形成笼形分子来吸附金属离子，达到对矿物元素的吸收。此外，秦雪梅研究完全母乳喂养婴儿的粪便发现低聚糖可促进钙、镁等矿物质的吸收，动物实验结果显示低聚果糖和低聚半乳糖均能促进肠道对钙、镁、铁等矿物质的吸收。DELZENNE等研究发现低聚果糖可促进钙、镁、铁和锌的吸收，减缓铁、钙、镁和锌稳态失调引起的症状。
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