亚油酸水合酶对不同的底物显示不同的活性，均可特异性转化为不同的羟基脂肪酸，但对亚油酸的活性最强。Kim等研究了重组10-LHT和13-LHT酶促动力学，比较它们对不同底物的活性，通过动力学参数表明10-LHT对亚油酸及油酸均有一定的活性，10-LHT对亚油酸的催化效率（kcat/km）为5（1/mmol/L/min），高于对油酸的催化效率3.2（1/mmol/L/min）；13-LHT则对亚油酸表现出更高的催化效率，约为82（1/mmol/L/min），同时13-LHT对α-亚麻酸的及γ-亚麻酸的催化效率仅分别为9和13（1/mmol/L/min），由于对其他底物的活性低，其余动力学参数未被确定。

通过克隆表达来源于L.acidophilusNCFM的亚油酸水合酶，Volkov等研究证明亚油酸水合酶是由591个残基组成的蛋白质，晶体结构如图4所示。亚油酸水合酶是同型二聚体，每个单体含4个结构域；白色通道和黄色通道分别是底物和FAD结合通道；与其它FAD依赖性酶相比，多了第4个黄色结构域；亚油酸水合酶的第4个域位于C端，由三个螺旋组成，它覆盖从蛋白质表面通向活性位点的疏水底物通道的入口。在亚油酸存在的情况下，一个原基的第四个域发生构象变化，打开了同型二聚体的另一个原基的底物结合通道的入口。亚油酸分子结合在底物通道的入口，表明底物识别触发了盖子域的运动。通过亚油酸水合酶，可将亚油酸特异性转化为10-HOE和13-HOE，其中羟基来自于一个水分子。亚油酸水合酶具有底物专一性，且因其种类不同对亚油酸不饱和键区域选择性不同，其晶体结构决定了该水合酶的FAD依赖性。据现有关于亚油酸水合酶动力学研究表明，野生菌中获得的13-LHT的活性均普遍高于10-LHT，高效10-LHT的筛选仍有较大的空白，有待继续探索。

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