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与传统抗生素相比，细菌素易于被消化酶降解，且不会破坏正常的肠道生态。细菌素能够根据分子质量、化学结构、热稳定性、或翻译后是否修饰氨基酸残基来进行分类，可根据是否含有羊毛硫氨基酸分为羊毛硫抗生素和非羊毛硫抗生素。LoganL.Newstead等人将细菌素分为四类，Ⅰ类是翻译后修饰氨基酸的小线性肽（膜活性肽，＜5kDa），通过结合膜结合脂质II（肽聚糖前体）来抑制肽聚糖生物合成；Ⅱ类为热稳定性小的膜活性肽，由四个亚类组成：Ⅱa为单链的小分子肽；Ⅱb是由两条链组成，两条链的存在增强了抑制活性，且每个链仍然单独显示活性；Ⅱc是n-端和c-端之间的环状共价键，包括硫醇激活的肽；Ⅱd为线性单链肽；Ⅲ类包括两个亚类中的热不稳定蛋白：Ⅲa为溶菌酶，其催化结构域包含三种不同功能，使其能水解肽聚糖组分；Ⅲb为非溶酶，第Ⅳ类包括复杂的蛋白质，含有碳水化合物或脂类，具有较高的疏水残基含量。
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