细菌对PL处理的敏感性较强。短乳杆菌、单核细胞增生李斯特菌、大肠杆菌、无毒李斯特菌、沙门氏菌、鼠伤寒沙门菌、副溶血性弧菌等是PL处理的食品中最常见的细菌。Ignat等运用1.75J/cm²和15.75J/cm²PL处理鲜切苹果，短乳杆菌分别减少3.0和3.75lg（CFU/cm²），而单核细胞增生李斯特菌分别减少2.7和3.82lg（CFU/cm²）；苹果切片天然微生物的细菌总数为（2.62±0.15）lg（CFU/cm²），经17.5J/cm²PL照射后，细菌总数因小于1.70lg（CFU/cm²）而未检出，且在7d贮藏期内，细菌总数不断增加。Gomez等研究了PL对鲜切苹果中接种的大肠杆菌、无毒李斯特菌的杀菌作用，在11.9J/cm2和71.6J/cm2PL照射下，大肠杆菌分别减少了（0.34±0.06）和（0.56±0.05）lg（CFU/cm2），贮藏7d后略有增加；无毒李斯特菌分别减少了（0.30±0.05）和（1.0±0.2）lg（CFU/cm²），7d贮藏期内不断减少。这证明高强度PL对无毒李斯特菌的抑制作用比大肠杆菌更强。Bialka等研究表明PL对鲜切草莓中大肠杆菌和沙门氏菌的灭菌效果非常接近，在5.4J/cm²和64.42J/cm²PL处理后，大肠杆菌和沙门氏菌分别减少1.3，2.3和1.0，2.3lg（N/N0）；和较高通量PL相比，较低通量PL的杀菌效果随着PL通量的增加更加明显。Leng等运用31.5J/cm²PL处理小番茄，和对照组相比，沙门氏菌降低了2.3个lg（CFU/g），该结果和Bialka等的研究结果一致。PL还可以用于蛋壳表面沙门氏菌的灭活。Lasagabaster等运用0.35，0.7和2.1J/cm²PL处理蛋壳，沙门氏菌分别减少了3.5，4.3和4.9lg（CFU/cm²）。肉制品中的微生物灭活也可采用脉冲强光技术实现。鼠伤寒沙门菌和副溶血性弧菌是肉制品中两类重要的致病菌。Hierro等研究发现，0.7J/cm²和11.9J/cm²PL处理后，生牛肉片中鼠伤寒沙门菌减少了0.3和1.0个对数值，而金枪鱼片中副溶血性弧菌的总数减少了0.2和1.0个对数值，杀菌效果随着PL通量的增加而提高，且在金枪鱼片和生牛肉片中的杀菌效果趋势接近。Keklik等运用60～67J/cm²PL处理生牛肉片，对鼠伤寒沙门菌的最大杀菌程度为2.4个对数值。

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