土壤中的营养物质对植物生长以及次生代谢物的合成有重要作用，钾含量降低会导致C4H和PAL酶的表达下调，降低许多中草药中类黄酮化合物的含量，有研究学者认为这可能是由于缺钾对类胡萝卜素合成途径的影响导致的。LEA等通过将拟南芥种子置于不同含氮量的培养基上播种来研究氮对类黄酮化合物合成的影响，研究发现氮元素缺乏反而会增强MYB及bHLH转录因子的表达最终促进拟南芥类黄酮合成。同样DONG等对龙井茶进行不同水平氮处理，使用超高向液相色谱串联质谱和气相色谱串联质谱定量分析以及PCR分析显示，正常的氮水平通过基因调控和底物碳水化合物的积累促进了龙井茶黄酮醇糖苷的生物合成，而异常的氮尤其是过量的氮对类黄酮的合成有抑制作用。YU等为深入了解钙诱导花青素积累的分子机制，在全株钙喷后一周对葡萄皮进行转录组测序，钙处理共影响了1894个差异表达基因（DEGs），其中上调基因1266个，下调基因628个，此外还发现钙触发了大量与钙转运和信号转导、花青素的生物合成和转运调控以及植物激素的生物合成和信号转导相关的DEGs。通过分析上调、下调的DEGs，明确了外源钙可能通过以下四个途径改善葡萄浆果颜色：钙通过激活与花青素生物合成相关的转录因子促进花青素积累；钙通过刺激钙和UFGT的相互作用促进花青素的积累；钙调素可能调节与花青素相关的转录因子，进而刺激花青素生物合成途径中的基因；钙信号刺激茉莉酸和乙烯的生物合成，通过增加内源糖含量或直接激活与花青素生物合成相关的转录因子，提高花青素含量。XU等为探讨钙处理对果实花色苷和酚类化合物含量的影响以及钙处理对类黄酮合成途径基因表达的影响，用不同浓度（10、20、50mmol/L）的CaCl₂溶液喷洒整个植株，比较了红果和黄果两种草莓品种的总酚类物质和花色苷含量，以及花色苷结构基因在草莓果实和其它组织中的表达谱。通过高效液相色谱和qRT-PCR等技术进行分析，发现钙处理提高了红果果实中黄酮3-羟化酶（F3H1）、二氢黄酮醇4-还原酶（DFR2）、花青素合成酶（ANS1）和UDP-葡萄糖基转移酶（UGT1）等花青素关键结构基因的表达水平，使总酚和花青素含量提高了20%以上。JIA等分析了缺磷胁迫下烟草植株营养生长期的生理和分子变化，qRT-PCR分析显示，在缺磷叶片中，参与黄酮醇生物合成的基因NtCHS、NtCHI、NtF3H、NtF30H和NtFLS的转录水平升高。相比之下，花青素生物合成的关键基因NtDFR的转录水平在磷缺乏状态下没有升高，结果表明，在磷缺乏的情况下，烟草植株会积累黄酮醇，而不是花青素，此外还检测到NtDFR上游调控基因NtAN2的转录上调，因此猜测缺乏磷的烟草叶片花青素合成失活的原因之一可能是NtAN2需要其他转录因子的激活。周锈连采用蛋白质组学分析方法比较了磷充足和磷缺乏培养基上生长了7d的拟南芥幼苗的蛋白质谱，利用液相色谱-二级质谱联用（LC-MS-MS）法结合蛋白质组学定量分析差异表达蛋白，分析发现磷缺乏有利于增强花青素的积累。

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