脉冲强光除了影响色泽、硬度、风味、多酚等，还显著影响食品中的一些重要成分，如维生素、蛋白质、酶等。PL处理可以显著提高蘑菇中维生素D₂含量，Kalaras等观察到，蘑菇经过2.373J/cm²PL处理后，维生素D₂含量从0.005μg/g干重快速增加到12.6μg/g干重，且在低强度PL照射下，维生素D₂生成量和PL通量符合零级动力学；9.492～14.238J/cm²PL范围内，随着PL的增加维生素D₂含量不断增加，质量浓度达到最大27μg/g干重，但不符合零级动力学。Koyyalamudi等也报道了类似的结果，在0～47.46J/cm²PL照射下，维生素D₂、PD₂、T₂和L₂剂量-反应曲线呈非线性函数关系。此外，PL中的紫外光能够诱导麦角甾醇产生光异构体D₂、PD₂、T₂和L₂，这或将有助于工业生产维生素D₂。

脉冲强光还可以通过改变蛋白质结构，降低β-乳球蛋白抗原性及提高蛋白质溶液的发泡能力和发泡稳定性。Innocente等运用0.26～26.25J/cm2PL处理生牛乳，导致94%碱性磷酸酶的失活，这是光化学效应（紫外光）和光热效应（可见光和红外光）共同作用的结果，即通过光诱导化学修饰和热损伤灭活生牛乳中的碱性磷酸酶（ALP）的活性。

脂肪氧合酶（LOX）容易引起食品酸败，PL处理可以灭活脂肪氧合酶的活性。以初始LOX活性为（136±10）μmol/L共轭二烯/min为例，96J/cm²PL处理可将LOX活性降低至可忽略水平（＜1%RA），这是因为PL处理引起氨基酸氧化及α-螺旋含量降低，而游离巯基显著增加表明蛋白质因二硫键断裂展开，最终蛋白质因疏水相互作用聚集而失活，这完全是光化学效应的结果。

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