bHLH转录因子是转录因子最大的家族之一，在类黄酮化合物等多种次生代谢产物的调控中发挥着重要作用。ZHAO等在羊草中发现了bHLH型转录因子LcbHLH92，在拟南芥中表达该转录因子发现其表达水平与种子颜色、花青素合成酶（ANS）和花青素还原酶（ANR）转录水平呈负相关，过表达LcbHLH92会导致叶片和种子中花青素和原花青素的积累减少。ZHAO等克隆并鉴定了bHLH家族蛋白PabHHL1的功能，PabHLH1与参与类黄酮生物合成的Ⅲf亚家族bHLH转录因子相关，瞬时表达实验表明，PabHLH1存在于细胞核和细胞质中，酵母单杂交实验表明其具有交互活性，当PabHLH1在附子草中表达时，双苄基和黄酮类化合物的含量与这些化合物生物合成途径中相应基因的转录水平呈正相关，当PabHLH1在拟南芥中异源表达时，激活了黄酮类化合物和花青素的合成，参与了黄酮类化合物合成早期和晚期结构基因的上调。在矢车菊中，DENG等筛选出4个R2R3-CcMYB转录因子分类为4或6亚群，1个CcbHLH1转录因子分类为Ⅲf亚群，进一步分离出黄酮3-羟化酶（CcF3H）和二氢黄酮醇4-还原酶（CcDFR）启动子，发现CcMYB6-1显著上调上述两个启动子的活性，刺激花青素积累，与CcbHLH1共同浸染后，其活性明显增强。此外，酵母双杂交和双分子荧光互补试验均显示了这两种激活剂之间的相互作用，因此表明转录因子CcMYB6-1和CcbHLH1分别是R2R3MYB和ⅢfbHLH的同源物，它们协同参与调控花青素的生物合成。葡萄中，WANG等化学合成了密码子优化的葡萄VvbHLH1基因，VvbHLH1的过表达上调了参与类黄酮合成、ABA信号通路、脯氨酸合成和活性氧清除系统的基因，因此认为葡萄bHLH转录因子基因VvbHLH1可能被用于增加类黄酮化合物含量以及提高类黄酮和其他植物对非生物胁迫的耐受性。在苹果花青素代谢的分子机制研究中，XU等利用酵母双杂交、蛋白质体外结合和双分子荧光互补试验表明，MdMYB16与MdbHLH33形成同源二聚体并相互作用，而LBSMdMYB16不与MdbHLH33相互作用，在过表达MdMYB16的愈伤组织中过表达MdbHLH33，发现它减弱了MdMYB16对花青素合成的抑制作用，这些结果表明MdMYB16和MdbHLH33可能是控制花青素合成途径的重要调控网络的一部分。

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