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对金黄色葡萄球菌而言，全细菌SELEX同样是其适配体筛选的首选方法。也有个别研究用金黄色葡萄球菌蛋白A作为生物靶标，这是由于蛋白A是可以从金黄色葡萄球菌细胞壁分离出的特有蛋白质。此外，也有研究者用金黄色葡萄球菌磷壁酸作为靶标进行筛选。用菌体筛选更加简单易行，既无需固定菌体，也无需固定文库，只需要离心就可以将结合与未结合的序列分离，且菌体表面的生物分子均保持天然构象，筛选到的适配体更有利于实际应用，但是，由于筛选是针对菌体进行的，而菌体表面具有无数的生物分子，无法知晓筛选到的适配体具体是针对哪个（或哪类）生物分子为靶标，具有不确定性。在之后的验证中，应该用尽可能多的菌株验证其特异性与准确性，以免在实际应用中出现假阴性或者假阳性。而用金黄色葡萄球菌蛋白A或者金黄色葡萄球菌磷壁酸作为靶标进行适配体筛选，是针对金黄色葡萄球菌菌体表面特异性分子进行筛选，可以保证筛选出的序列具有较高的特异性和准确性，但是人工表达或人工纯化出的生物分子可能与菌体表面的生物分子存在一定的结构差异与空间位阻，因此，最终筛选的适配体不仅需要检测与靶标分子的亲和力，更需要检测与金黄色葡萄球菌菌体之间的亲和力。总的来说，两种策略各有优劣，而成本低廉，简单易行是大多数研究者选用前者的原因。
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