色谱是利用不同组分在固定相和流动相之间的分配系数或溶解度不同的原理对各组分进行分离纯化，最终检测物质含量的一种方法。色谱分析法是小分子物质检测最常用的一类检测手段，包括薄层色谱法(TLC)、高效液相色谱法(HPLC)、气相色谱法(GC)和质谱法(MS)等。

薄层色谱法是早期应用于检测的一种方法，是对混合样品进行分离、鉴定和定量的一种层析分离技术。Schaafsma等采用了不同种方法检测谷物中ZEN含量，结果表明TLC法成本最低、耗时短，且对设备和人员要求不高，但存在操作过程复杂、专一性差、灵敏度低、重复性差的缺点例，而且实验员需接触大量有毒有害试剂。因此逐渐停止使用。现在最常用的检测方法是液相色谱、气相色谱和质谱。这些方法一般需应用大型仪器，分析比较迅速、灵敏度高、检测限低，但前处理复杂、成本高，且大型仪器需专业人员操作，检测要求较高。现阶段色谱法检测主要用于多种真菌毒素的同时检测，如黄曲霉毒素、赭曲霉毒素、玉米赤霉烯酮、呕吐毒素等。液相或气相色谱与质谱联用适合对多种待测物质同时进行定量检测，且灵敏度较高。Kafouris等用乙腈/水混合物单步萃取ZEN，再用超高效液相色谱串联质谱法进行分析，该方法无须任何清洗步骤，灵敏度高。Wang等刚采用涡流辅助离子-液基分散液-液微萃取相结合的方法，对玉米制品中的ZEN进行高效液相色谱分离和荧光检测。该方法前处理简单、净化效果好、灵敏度高、检测速度快，适用于ZEN残留的分离和定量检测。

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