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炎症是机体对于刺激的一种防御反应。炎症性肠病是一种非特异性的肠道炎症，肠黏膜屏障破损、肠道菌群失常、肠道黏膜免疫、遗传易感染、环境因素等都能影响炎症性肠病的发生，肠黏膜破损是关键的一个因素，炎症性肠病会导致肠粘膜屏障损伤。
寡糖可以减轻动物模型肠道炎症反应。刘海平研究发现壳寡糖能抑制核转录因子NFκB的表达来有效改善TNBS/乙醇法诱导的溃疡性结肠炎小鼠的肠道炎症反应。此外，壳寡糖可降低经口服脂多糖诱导的仔猪中炎症细胞因子的浓度，通过抑制核转录因子NF-κB的传导途径和钙敏感受体的激活改善肠道炎症。CHENG等用热应激破坏肉鸡肠道组织形态，增加肠道炎症后在膳食中添加甘露寡糖发现十二指肠和空肠粘膜白细胞介素1β的含量降低，表明甘露寡糖可调节炎症细胞因子和免疫球蛋白的产生，从而减轻热应激引起的肉鸡肠道炎症反应。
有研究表明患有炎症性肠病和结直肠癌的人粪便中的大肠杆菌和粪肠球菌的数量高于正常人，乳酸杆菌和双歧杆菌的数量明显低于正常人。功能性寡糖可通过提高双歧杆菌和乳杆菌的数量，降低大肠杆菌和肠球菌的数量，提高短链脂肪酸的产量来减轻溃疡性结肠炎的症状。短链脂肪酸中的丁酸盐能促进IL-4的吞噬作用来限制IL-17A分化的T细胞的产生从而来抑制结肠炎。木寡糖可以在肠道内被代谢为短链脂肪酸，其中丙酸和丁酸促进幼稚CD4+T细胞向调节性T细胞分化，增加Treg细胞数量进而减缓炎症性肠病。
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