红酵母可以发酵生产番茄红素，其生长周期较短、发酵控制容易、营养要求简单、更易规模化生产，因此也具有良好的工业应用前景，但是产量比三孢布拉氏霉低。在红酵母中多采用添加含氮杂环类化合物并结合多种助剂的方式提高其番茄红素产量。例如，杨建明等发现N-甲基吗啉、烟叶水提取物、咪唑和吡啶都可以促进红酵母生成番茄红素，前2种阻断剂阻断效果更好，番茄红素产量最高(11.79mg/L)，但是发酵早期添加阻断剂会使生物量下降，发酵后期添加会降低阻断效果，得出最佳加入时间为中期(28h)。王海兵等从5株红酵母中筛得一株类胡萝卜素产量较高的黏红酵母，发酵24h后加入2.5mL/L尼古丁和4mg/LMVA激酶激活剂青霉素，发酵至36h时添加过氧化氢1.2mL/L，60h时添加麦角同醇合成抑制剂酮康唑400mg/L，最终使番茄红素累积质量浓度达到176.97mg/L，为对照的43.2倍，并廉博等发现在培养48h后添加尼古丁(2.5mL/L)和过氧化氢(1.6ml/L)，可以使黏红酵母生物量提高的同时也提高番茄红素的产量(87.71mg/L)。

除红酵母外，用于生产虾青素的红法夫酵母在代谢过程中也可以产生番茄红素，并且已有研究通过添加环化酶抑制剂提高其类胡萝卜素产量。有研究者采用尼古丁阻断突变株番茄红素的环化使番茄红素升高至0.129mg/g。李思敏则采用N-甲基吗啉、异烟肼及诱导剂筛选类胡萝卜素高产的红法夫酵母菌株。此外胺类化合物也得到应用，并被证实具有提高总类胡萝卜素含量的作用。有研究者采用胡椒基丁醚和三乙胺共同处理红法夫酵母.使番茄红素和总类胡萝卜素产量均得到提高。

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