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此外，还有多种微生物源酶可以催化合成己酸乙酯。例如，郭通航等从变质的食用油中分离得到1株具有产己酸乙酯酯化酶能力的伯克霍尔德氏菌X10，研究发现该菌的最佳酯化条件为：己酸添加量2%，酯化温度35℃，酯化液初始pH4.6，连续振荡48h，优化条件下酯化酶活力由1.79U/mL提高到3.53U/mL，较优化前增加了97.21%。在众多脂肪酶中，南极假丝酵母脂肪酶B的用途最为广泛，它对非水溶性及水溶性物质都有很强的催化活性，尤其在非水相催化中，该酶表现出极好的活性和操作稳定性，该研究中利用α-凝集素表面展示系统成功的将南极假丝酵母脂肪酶B锚定在酿酒酵母细胞的表面，并以该工程菌全细胞合成己酸乙酯作为应用模型，具有反应速度快，产率高，操作稳定的特点，当己酸与乙醇的摩尔比为1∶1.25时，己酸乙酯的生成率为98.0%。刘雪等研究发现华根霉F8发酵时可以产酯化酶，该酯化酶在一定条件下可以催化己酸乙酯的生成，在25℃下酯化25d可测得己酸乙酯含量为2034.5mg/100mL。然而，由于中国传统发酵食品的多元性以及微生物的多样性，加之传统发酵食品现代化研究程度低，发酵食品来源聚焦于微生物酶资源序列和结构解析，以及催化机制的研究相对匮乏，也是食品领域今后的重要研究方向之一。
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