几丁质是真菌和昆虫等生物体结构中的主要成分，植物和高等生物中不含几丁质。几丁质酶降解几丁质破坏有害生物体结构，而对农作物不产生危害，因此可将这一特性应用于病虫害防治。在未来几年内增加对几丁质酶的深刻研究，对其作为生物农药的潜力进行更系统分析，研究合适配方，实现大规模生产，在几丁质酶制剂与其他农药协同的作用下，提高产品的稳定性和持久性，真正发挥其功效，不断提高农产品产量与质量。

几丁质是真菌细胞壁的主要成分，几丁质酶可以通过抑制病原菌孢子萌发及菌丝的生长来发挥防御作用，这一原理已成为研究热点之一。例如，菌丝抑制试验证明RmChi44对植物病原真菌具有很强的抗性，包括炭疽菌（Colletotrichumsp.）、尖孢镰刀菌（Fusariumoxysporum）、镰孢镰刀菌（Fusariumsolani）以及绿色木霉（Trichodermaviride）。Li等从Corallococcussp.EGB中获得的抗真菌几丁质酶对植物病原体米曲霉具有潜在抗真菌活性。Han等研究的Streptomycessp.DA11所分离的出几丁质酶针对黑曲霉（Aspergillusniger）和白色念珠菌（Candidaalbicans）具有抗真菌能力。Brzezinska等综述了有关几丁质酶抑制真菌生长的能力，改善植物病原真菌介导的植物疾病的能力。利用微生物和病毒几丁质酶作为生物技术工具，控制和对抗真菌、昆虫等植物病原体，可有效减少对农作物的危害，表明几丁质酶可能具有控制疾病的潜在应用。

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