外界环境因素对植物次生代谢起着重要的调控作用，可以引起次生代谢物含量的显著性改变，这些外界因素包括光照、温度、水分、辐射、激素、矿物质等。

光对类黄酮合成的影响体现在光照强度、光照时间和光质等方面，主要通过影响相关酶和基因的活性，从而提高类黄酮的积累量。ZORATTI等对野越桔和高丛蓝莓的花青素组成进行研究，发现季节差异、温度和光照通过影响类黄酮3',5'羟化酶（F3′5′H）基因来影响受测野越桔花青素含量。ALBERT等发现大多数植物花色苷的积累与光照强度成正相关，光照强度越强，越容易诱导花色苷合成的结构基因和调节基因的表达，矮牵牛花色素只有在高光照下生长才会出现强烈的着色现象，说明存在一种光诱导调控因子，负责激活花青素途径。鉴于Lc（一种来自玉米的bHLH调节因子）和An11（一种WD40的调节因子）均在矮牵牛中组成性表达，且MYB花青素调节剂Rosea1能够调节光照下矮牵牛花色素的合成，推测内源性调控因子可能是MYB蛋白。GUAN等指出在葡萄中遮光处理可以改变花色苷合成和转运相关基因的表达从而降低其含量，恢复光照后花色苷迅速积累，表明光照对葡萄花色苷的积累起正调控作用。这些调节与花青素生物合成途径的结构、调控基因表达的改变以及花青素转运基因的变化有关。XU等通过对银杏的不同处理，发现不同的光照强度对银杏幼苗生物量的积累有显著影响，100%光照对银杏叶类黄酮的生物合成和积累起促进作用，PAL、CHS、F3H（黄酮-3-羟化酶）、FLS（黄酮醇合成酶）各种酶表达量也非常高，基因表达水平与类黄酮醇含量呈显著正相关。AZUMA等利用离体葡萄浆果进行了体外环境实验，研究了温度和光照条件对类黄酮（花青素和黄酮醇）合成及相关基因表达水平的影响，发现低温（15℃）加光照处理下，葡萄果皮花青素积累量充足，而高温（35℃）或暗处理严重抑制花青素积累，验证了低温对花青素的积累起正调控作用，另外还发现许多类黄酮生物合成相关基因在低温和光照下均独立上调，说明低温和光对类黄酮合成途径内基因的表达具有协同作用。

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