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人体的消化主要靠器官机械式运动和化学性消化完成的，消化酶的主要作用是将摄入的食物进行分解转化成机体所需要的养分，消化酶分泌不足会导致吸收能力减弱，免疫保护作用减弱，会广泛引起消化不良症候群，如腹泻、胃胀等，从而会阻碍营养物质的消化吸收。有研究表明新琼寡糖可以促进乳杆菌的生长，能对唾液淀粉酶起稳定作用和激活作用，对消化不良类的疾病具有治疗作用。WANG等将低聚果糖加入饲料中对鲈鱼幼苗进行饲养试验，28d后发现饲喂低聚果糖的幼鱼体内的脂肪酶活性显著提高。潘金露在大菱鲆的饲料中分别加入褐藻酸钠寡糖和壳寡糖喂养70d后发现壳寡糖和褐藻酸钠寡糖均能显著提高肠道脂肪酶、淀粉酶和蛋白酶的活性，提高饲料的消化率。除此之外，还有研究表明甘露寡糖可以提高鳗鲡肠道内的淀粉酶、胰蛋白酶和脂肪酶的活性。
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