研究发现，锰污染降低土壤微生物、植物及动物种类多样性。动植物体内沉积过量锰可引起锰中毒症状，导致组织病变，降低发芽率，增加死亡率。受威胁的植物涉及蔬菜、谷物、果树和牧草，受威胁的动物有鱼类、鸟类和哺乳动物，其中鸟类受威胁最严重。

土壤锰污染导致植物锰浓度超标、降低植物种类多样性和土壤微生物数量。近几年两项研究报道土壤锰污染对微生物多样性危害。广东省东北部某锰化厂附近，土壤遭受严重锰污染，影响土壤微生物数量，微生物Sphingomonas、Acidithio⁃bacillaceae数量与锰呈负相关；微生物Defluviicoc⁃cus和Methylobacterium数量与锰呈正相关；土壤锰达到中度污染时，随着重金属综合污染指数增加，土壤微生物多样性指数迅速下降。与未受污染土壤相比，污染土壤微生物数量（细菌和真菌生物量）显著降低。
近年来，在我国发现土壤锰污染对植物造成危害。Huang等研究发现，2008～2014年广西崇左、南宁、来宾、贵港等地，成熟甘蔗基部茎含锰量高达564.36mg∙kg-1（干物质），宿根蔗苗发生严重黄化病，黄化再生植株在田间死亡率达到约50%。El-Alam等发现，土壤锰污染导致5种植物（小麦、三叶草、紫花苜蓿、高羊茅和黑麦草）种子萌发率降低7%～30%，植物多样性指数下降。陈兰兰等发现贵州锰矿区锰渣排放区的白菜和黑麦草种子发芽受到抑制。沐婵等报道，云南省玉溪市红塔区和江川区生产的葡萄植株在2016年5月～2017年7月期间出现典型锰中毒症状。2020年蒋宗宏等发现，洗矿和炼砂导致广西矿区及周边田地锰污染，蔬菜和谷物产生锰中毒病，菠萝出现黄化病，水稻出现“烧苗病”，大豆出现失绿症。

相关链接：锰，紫花苜蓿，土壤