小肠的组织结构与营养物质的吸收有决定性的关系。小肠的内部有皱襞和皱襞上的细小突起绒毛，它们的增长可增大肠道面积，有利于营养物质的吸收。隐窝是指肠壁的凹陷，绒毛是指肠壁的突起，常用V/C值（小肠绒毛高度/隐窝深度）来反映肠道的吸收能力，比值升高则表明吸收功能升高，比值下降可能是由于肠道病变造成，会引起腹泻的发生。有研究发现甘露寡糖能改善金鲷的肠道功能，增加肠道面积和绒毛长度与密度，影响肠道微生物物种的丰富度和多样性。寡糖对肠道组织结构的改变将有利于增加机体对营养物质的利用率，增加对矿物质元素的吸收，调节脂质代谢，从而提高生产性能。低聚木糖能有效降低隐窝深度，增加绒毛长度，改善肠道的形态结构。壳寡糖、低聚果糖、褐藻寡糖均可调节肠道屏障完整性。

肠黏膜是机体黏膜屏障系统最重要的组成部分，它能吸收营养物质以及阻止肠道内的有害物质进入机体内环境，这种屏障是由紧密连接组成的组织良好的系统进行调节的。紧密连接是由闭合蛋白和封闭蛋白以及紧密连接蛋白组成的多蛋白复合物。果寡糖能显著降低小肠粘膜中活性最强的血浆二胺氧化酶（DAO）活性和代谢产物D-乳酸的含量，增加与肠道上皮完整性紧密相关的ZO2、OCLN和CLDN2mRNA的表达量，从而起到保护黏膜屏障的效果。WAN等在仔猪的饲料中添加褐藻寡糖发现褐藻寡糖可上调断奶仔猪盲肠黏膜中的OCLN和CLDN-1mRNA水平，以及结肠黏膜中的CLDN-1mRNA水平，盲肠和结肠黏膜中SCFA浓度升高导致单磷酸腺苷活化蛋白激酶活化，从而提高断奶仔猪肠道屏障的完整性。上皮组织的致密性、完整性由通透性和紧密连接的结构所决定。通过尤斯灌流室技术对肠粘膜屏障进行研究，发现上皮细胞跨膜电阻减小，表明肠道通透性增加，紧密连接结构受到破坏，肠粘膜屏障受损；荧光素标记物质的检测也可以体现出肠道的通透性，纤维寡糖能提高TEER和降低上皮细胞对荧光素异硫氰酸酯-葡聚糖的通透性，且能促进肠道内有益菌的增加，并产生丙酸、丁酸等代谢产物保护肠道屏障。同时益生菌和寡糖的共同作用更能有效的修复肠上皮细胞损伤。

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